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[已解决]蛋白质解析,C端helix解析不出来,求原因

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发表于 2015-9-10 12:17:46 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-11 08:25 编辑

如果一个蛋白某部分,比如说C端的helix,可能也算是比较柔性吧,解析不出来,缺失,
原因是什么呢?
晶体当中是不是这段是确实存在的?
是不是因为柔性而使得衍射的时候,这部分无法收集好比较集中的数据?
晶体衍射,不是很懂,
请专家出来解答一下。


[发帖际遇]: greatzdl最近实验不顺,蛋白质科学网慰问greatzdl ,奖励1 贡献,并告诫“强者不是微笑着的人,而是哭着依然坚持奔跑的人”. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-9-10 12:45:40 | 显示全部楼层
是不是电子密度图里那一块儿没有密度?
有可能是纯化过程中降解了吧。或者是在晶胞里没有稳定的构象。
[发帖际遇]: jhtjs2015打饭不排队,有关部门扣其 3 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-9-10 14:39:20 | 显示全部楼层
jhtjs2015 发表于 2015-9-10 12:45
是不是电子密度图里那一块儿没有密度?
有可能是纯化过程中降解了吧。或者是在晶胞里没有稳定的构象。 ...

可能柔性,也可能降解吧~可以捞晶体测下
[发帖际遇]: a86052 刚刚帮助警察抓小偷了,被奖励 4 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-9-10 14:39:29 | 显示全部楼层
jhtjs2015 发表于 2015-9-10 12:45
是不是电子密度图里那一块儿没有密度?
有可能是纯化过程中降解了吧。或者是在晶胞里没有稳定的构象。 ...

可能柔性,也可能降解吧~可以捞晶体测下
[发帖际遇]: 一个袋子砸在了 a86052 头上,a86052 赚了 2 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-9-10 15:33:55 | 显示全部楼层
很重要嘛?看不见就算了哇
[发帖际遇]: singer 帮助中国解决了一个重大问题,被主席奖励 5 贡献,并对他感慨“你们是早上七八点的太阳,未来是你们的”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2015-9-10 16:13:25 | 显示全部楼层
singer 发表于 2015-9-10 15:33
很重要嘛?看不见就算了哇

还算重要吧,但是结构给出的信息完整最好啊,
这都是其次,只是想知道原因何在?
[发帖际遇]: greatzdl 捡了钱没交公 威望 降了 1 . 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2015-9-10 16:16:09 | 显示全部楼层
a86052 发表于 2015-9-10 14:39
可能柔性,也可能降解吧~可以捞晶体测下

同源的一个蛋白有完整结构,两者序列等同性为53%,序列相似性为80%。
你说的捞晶体如何测?可以说的稍微详细点吗?
我不是很懂,
[发帖际遇]: greatzdl 发表论文了,大家奖励其 3 贡献,并“喜大普奔”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2015-9-10 16:16:33 | 显示全部楼层
a86052 发表于 2015-9-10 14:39
可能柔性,也可能降解吧~可以捞晶体测下

同源的一个蛋白有完整结构,两者序列等同性为53%,序列相似性为80%。
你说的捞晶体如何测?可以说的稍微详细点吗?
我不是很懂,
[发帖际遇]: greatzdl 刚刚帮助警察抓小偷了,被奖励 10 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2015-9-10 16:20:15 | 显示全部楼层
jhtjs2015 发表于 2015-9-10 12:45
是不是电子密度图里那一块儿没有密度?
有可能是纯化过程中降解了吧。或者是在晶胞里没有稳定的构象。 ...

你说的在晶胞中没有稳定构象,有没有办法可以检测下,
还有其他的可能的原因吗?
如果想有稳定构象,该做些什么优化呢?
ps:同源的一个蛋白,identity=50%,二级结构也是几乎相同,两者可以叠合在一起,同源蛋白结构完整。
[发帖际遇]: greatzdl 通宵做实验,蛋白质科学网扣其 10 蛋蛋,并语重心长地对greatzdl说,“年轻人不要总熬夜”. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-9-10 17:00:14 | 显示全部楼层
greatzdl 发表于 2015-9-10 16:16
同源的一个蛋白有完整结构,两者序列等同性为53%,序列相似性为80%。
你说的捞晶体如何测?可以说的稍微详 ...

如果缺失的片段较大,捞晶体跑个SDS-PAGE与电晶体时的蛋白比较下;如果比较小的缺失,捞晶体打个质谱看下,就可以知道是否降解了
[发帖际遇]: a86052 实验做的太好了,向蛋白质科学网缴纳实验奢侈税 8 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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