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药物设计方面新手,请大神们帮助

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水蛋

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发表于 2015-7-12 17:36:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

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  本人研究生新生一枚,以前实验室主攻囊膜病毒蛋白(表面糖蛋白)晶体结构,现在导师想做这些病毒的分子药物。由于以前实验室从没有做过这些研究,现在进行的很困难,希望各位师兄师姐帮帮忙,给我提供一些有用的意见,比如实验如何开展?哪些文献对我可能会有帮助?有哪些重要的软件、操作是必须要掌握的,等等

[发帖际遇]: 一个袋子砸在了 ls520 头上,ls520 赚了 1 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-12 18:39:56 | 显示全部楼层
     嗨,你好。按照你说的,我理解的意思应该是你想要设计病毒分子的药物,药物的作用应该是阻断病毒对机体/某个细胞受体的入侵,达到治疗的效果是吧?
    如果是这样的话,你首先是要解析一个  病毒-受体的复合物结构。然后根据两者的结合面设计一个与受体结构相似的小分子,然后达到与受体竞争性结合的病毒,从而达到治疗的效果。
   想要解析整个病毒-受体的结构,可以使用结晶的方法,对整个灭活病毒-受体的complex进行结晶,你可参考巴斯德所陈荣老师的工作http://www.shanghaipasteur.cas.c ... 090702_1909350.html         。现在随着电镜的发展,电镜在病毒-受体结构解析占据非常大的优势,我了解到蛋白质中心的从尧老师现在做过病毒-抗体的电镜结构解析工作http://www.sibcb.ac.cn/PI.asp?id=141
    要拿到整个病毒-受体结构还是不简单的,现在的做法其实通常是解析病毒某个参与受体结合的蛋白比如CTT6余受体CTR5的结构,然后根据结构设计小分子。。。。。
   希望能帮到你。
[发帖际遇]: admin 通宵做实验,蛋白质科学网扣其 10 蛋蛋,并语重心长地对admin说,“年轻人不要总熬夜”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2015-7-12 20:16:58 | 显示全部楼层
  非常感谢您这么及时的回复,病毒表面糖蛋白与受体复合物的结构已经解了许多,现在重点就是后面您说的根据两者的结合面设计药物的具体流程……也看了一些文献,但是由于之前没有接触过此类实验,看的很糊涂,希望知道药物设计流程的大神们多告诉我一点,万分感谢!
[发帖际遇]: 楼主很高兴,赏赐 ls5202 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-12 21:22:35 | 显示全部楼层
ls520 发表于 2015-7-12 20:16
非常感谢您这么及时的回复,病毒表面糖蛋白与受体复合物的结构已经解了许多,现在重点就是后面您说的根据 ...

如果有结构,那么就利用计算机首先模拟出成百上千种小分子,然后合成小分子,通过各种实验方法得出每一种小分子与病毒(蛋白)的结合力强弱,选择一种适合的药物再做体内实验等等。 Structure of the human P2Y12 receptor in complex with an antithrombotic drug. Nature. 2014; 509: 115-118.
此外如果你们实验室真的想做这方面的话,最好是与专业做药物设计的实验室合作。
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[发帖际遇]: admin 实验做的太好了,向蛋白质科学网缴纳实验奢侈税 5 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-12 21:33:21 | 显示全部楼层
个人觉得,如果你们实验以前从来没有做过这方面的工作的话,你最好是找个实验室合作,就算不合作,也最好是能到这样的实验室去学习几个月,要不然,自己找资料自学真的比较难的啊!让你们老板拍你出去学习下呗。
[发帖际遇]: 老李 在敲键盘时没有注意,被小偷偷去了 5 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-13 00:06:03 来自手机 | 显示全部楼层
可以联系上海药物所进行合作。
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 楼主| 发表于 2015-7-13 08:43:16 | 显示全部楼层
好的,各位师兄师姐的建议我一定会跟导师商量,多谢各位的帮忙!
[发帖际遇]: ls520 发表论文了,大家奖励其 2 贡献,并“喜大普奔”. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-13 10:29:10 | 显示全部楼层
药物所有个CDCC中心,专门研究用计算机来设计小分子药物,你可以去咨询下。
[发帖际遇]: sylvialou 讲文明,树新风,蛋白质科学网奖励其 6 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-15 22:35:15 | 显示全部楼层
如果你已经有晶体结构数据了,希望你找计算机辅助药物设计的人合作,你可以让他们帮你docking,然后你找合成的人合成出来,然后你再soaking蛋白,看看能不能binding上,如果ok的话,就感觉进行生化药理实验,希望可以帮到你
[发帖际遇]: wangyuxihuaxi 发帖时在路边捡到 2 蛋蛋,偷偷放进了口袋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2015-7-15 23:01:46 | 显示全部楼层
ls520 发表于 2015-7-13 08:43
好的,各位师兄师姐的建议我一定会跟导师商量,多谢各位的帮忙!

帮你请来了一位大牛!做药物分子的大牛。解了30多个药物和蛋白的结构。你有问题可以请教wangyuxihuaxi
[发帖际遇]: admin 刚刚帮助警察抓小偷了,被奖励 9 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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