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protein-protein docking

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发表于 2018-4-20 20:20:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请教大家一个问题,我解析出了一个蛋白质 Regulatory domain 的晶体结构,现想通过model方法继续研究全长的结构,这种家族蛋白为四聚体,全长蛋白单体结构已经通过同源建模预测出来,请问有没有一种软件能够将四聚体的model做出来。或者能不能将预测出来的单体做protein-protein docking 来做出多聚体模型。
[发帖际遇]: 楼主很高兴,赏赐 chenjinli20318 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2018-4-20 23:22:30 | 显示全部楼层
你知道四聚化的domain位置吧  如果知道四聚化domain,基本上能做出来一个模型的
[发帖际遇]: DH5a 一个月就解出了一个蛋白质结构,大家共同奖励其 3 贡献,并表示“哎,不明觉厉啊!”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2018-4-21 16:45:53 | 显示全部楼层
DH5a 发表于 2018-4-20 23:22
你知道四聚化的domain位置吧  如果知道四聚化domain,基本上能做出来一个模型的 ...

这种家族蛋白四聚化domain是基本相同的,知道的话,可以通过什么方法构建出四聚体呢?

[发帖际遇]: chenjinli2031 科研决心很坚决,在不利的环境下依然坚持查阅文献,人民很感动,科技部奖励励 4 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2018-4-22 10:16:48 | 显示全部楼层
你的Regulatory domain距离四聚化domain距离有多少?如果很远,另外Regulatory domain只是单体的话,那搭建全长四聚化模型是抽象的,没有什么具体的含义。如果距离很近,那看看你的Regulatory domain在晶体packing中的情况,是否能找出多聚体出来,然后再搭建。
[发帖际遇]: DH5a 查阅资料很仔细,蛋白质科学网奖励其 1 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2018-4-22 19:21:23 | 显示全部楼层
DH5a 发表于 2018-4-22 10:16
你的Regulatory domain距离四聚化domain距离有多少?如果很远,另外Regulatory domain只是单体的话,那搭建 ...

我的Rugulatory domain 是二聚体,和四聚化区域有着较长的linker,如果搭建四聚体的话,有什么软件可以用吗
[发帖际遇]: chenjinli2031上课不认真听讲,还流口水,被有关部门扣 3 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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