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pymol中苯环显示问题

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水蛋

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发表于 2017-12-29 20:46:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,请问pymol中显示侧链苯环是这种两条杠的,怎么设置只显示一条杠呢?还有的配体苯环是中间带圈圈的,怎么设置才能变成只有一条杠的样子?是之前coot中设置的问题吗?谢谢啦!!!

单杠

单杠

带圈圈

带圈圈

双杠

双杠
[发帖际遇]: clear实验记录写的一丝不苟,蛋白质科学网奖励8 贡献,并带来爱迪生的话“良好的实验记录,是灵感的来源”. 幸运榜 / 衰神榜
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彩蛋

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发表于 2017-12-30 23:27:49 | 显示全部楼层
下面双杠是DNA的碱基吧?这个在pymol的setting里面应该都有吧?设置side chain style
[发帖际遇]: xtalman 讲文明,树新风,蛋白质科学网奖励其 5 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-12-31 09:31:04 | 显示全部楼层
xtalman,非常感谢!下面的双杠确实是RNA碱基,不过氨基酸侧链苯环也是这种显示,我想请问怎么设置side chain style呢?还有一个小分子配体中间是圈圈,这个怎么设置呢?非常感谢!
[发帖际遇]: clear 乐于助人,奖励 9 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-12-31 09:31:57 | 显示全部楼层
xtalman 发表于 2017-12-30 23:27
下面双杠是DNA的碱基吧?这个在pymol的setting里面应该都有吧?设置side chain style ...



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楼主|发表于 1 秒前|只看该作者


xtalman,非常感谢!下面的双杠确实是RNA碱基,不过氨基酸侧链苯环也是这种显示,我想请问怎么设置side chain style呢?还有一个小分子配体中间是圈圈,这个怎么设置呢?非常感谢!



[发帖际遇]: clear 一个月就解出了一个蛋白质结构,大家共同奖励其 10 贡献,并表示“哎,不明觉厉啊!”. 幸运榜 / 衰神榜
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QQ
发表于 2017-12-31 13:30:03 | 显示全部楼层
你可以去Setting> Edit all > 搜索stick,试试相关参数
[发帖际遇]: jhtjs2015最近实验不顺,蛋白质科学网慰问jhtjs2015 ,奖励7 贡献,并告诫“强者不是微笑着的人,而是哭着依然坚持奔跑的人”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-12-31 14:51:30 | 显示全部楼层
jhtjs2015 发表于 2017-12-31 13:30
你可以去Setting> Edit all > 搜索stick,试试相关参数

非常感谢!在editing all设置stick 的相关参数,但是似乎没有变成单杠,是在coot的原因吗?我从PDB database就没有这种情况,谢谢!
[发帖际遇]: 一个袋子砸在了 clear 头上,clear 赚了 1 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-12-31 15:13:10 | 显示全部楼层
jhtjs2015 发表于 2017-12-31 13:30
你可以去Setting> Edit all > 搜索stick,试试相关参数

对了,还是我的pymol版本的问题,我现在用的是2017年9月份 V2.X,刚试了低版本的
1.7.4就没有这种问题......

[发帖际遇]: clear昨天上厕所没洗手,有关部门扣其 3 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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