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【提问】基于结构的叠加方法

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水蛋

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发表于 2017-11-4 00:49:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,现在我想做A和B两个蛋白的结构叠加的比较图。pymol是可以叠加比较两个结构,但是pymol是基于序列的同源性进行叠加的,
而我这两个蛋白序列的同源性不高,因此选择使用pymol叠加的时候反而非常差。
换句话说,这两个蛋白就是氨基酸序列同源性不高,但是结构是很高度相似的。
大家有没有基于整体结构进行叠加的软件或者方法???
[发帖际遇]: 家家打饭不排队,有关部门扣其 5 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-11-4 13:14:47 | 显示全部楼层
pymol是根据Ca来叠加的吧。
那你可以手动尝试swiss-pdb或者COOT
[发帖际遇]: jhtjs2015 讲文明,树新风,蛋白质科学网奖励其 4 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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水蛋

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 楼主| 发表于 2017-11-4 15:01:41 | 显示全部楼层
jhtjs2015 发表于 2017-11-4 13:14
pymol是根据Ca来叠加的吧。
那你可以手动尝试swiss-pdb或者COOT

sorry, what is Ca?
[发帖际遇]: 家家 一个月就解出了一个蛋白质结构,大家共同奖励其 6 贡献,并表示“哎,不明觉厉啊!”. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-11-5 13:08:26 | 显示全部楼层

主碳链?
[发帖际遇]: jhtjs2015 一个月就解出了一个蛋白质结构,大家共同奖励其 7 贡献,并表示“哎,不明觉厉啊!”. 幸运榜 / 衰神榜
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