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分享一个Pymol作图技巧--如何在interface上把残基显示.清晰

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水蛋

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发表于 2017-8-9 13:46:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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一般情况,我们拿到复合物结构后会很快分析复合物之间的相互作用界面 interface,分析之后会做一些图,通常情况是这样的:一般情况,我们拿到复合物结构后会很快分析复合物之间的相互作用界面 interface,分析之后会做一些图,通常情况是这样的:

                               
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但是这样的话,很多残基会被cartoon图的主链骨架挡住,比如图中几个深入pocket当中的氨基酸残基侧链就不能很清晰的展示出来,作图时候标记起来就很难。
有一种方法可以解决,就是把cartoon图主链宽度调小,就会这样子出来:

                               
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是不是就一下子清晰了,主链不会再挡住pocket里面的残基了,所有残基都能很清晰的展示。
还有像这种的,正常情况根本看不见又窄又深的口袋里面的残基:

                               
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而同样的方法,一模一样的角度,情况就完全不同了:

                               
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挺好用的吧?对于作图新手来说这不得不说是一种新技能get。
具体操作就是:
1.在setting里面把cartoon类型一定要选择为fancy helices

                               
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2.在setting内的edit all里面选择cartoon内的dumbbell的长度,半径,宽度调小,调到如图数字就可生产图中所示图片了

                               
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file:///C:/Users/%E7%BA%AF%E4%B8%80/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image012.jpg

最低下还附了PDF版本
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surface界面1

surface界面1

骨架调窄后界面

骨架调窄后界面
c.png
d.png
e1.png
e.png

如何把氨基酸残基都能看得清.pdf

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[发帖际遇]: 牵你手 非常用功读书,蛋白质科学网代表主席奖励其 5 贡献,并表示“为中华崛起而读书”. 幸运榜 / 衰神榜
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彩蛋

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发表于 2017-8-9 15:01:41 | 显示全部楼层
GOOD!
感谢分享
[发帖际遇]: DH5a 一个月就解出了一个蛋白质结构,大家共同奖励其 7 贡献,并表示“哎,不明觉厉啊!”. 幸运榜 / 衰神榜
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水蛋

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发表于 2017-8-9 18:18:59 | 显示全部楼层
bang bang de
[发帖际遇]: choice昨天上厕所没洗手,有关部门扣其 10 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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水蛋

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发表于 2017-8-10 09:05:01 | 显示全部楼层
[发帖际遇]: Bio3DEM做科研想象力十足,蛋白质科学网奖励4 贡献,采访TA时,TA说”天才就是我这样的,1%的努力,加上99%的灵感“. 幸运榜 / 衰神榜
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水蛋

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发表于 2017-8-10 09:08:50 | 显示全部楼层
以前看有些文章,在相互作用界面(一个是surface,一个是cartoon图)就是这样的图,螺旋都好细,我感觉怪怪的,怎么这样“丑图”。后来见过几次,明白原来这样就挡不住内侧的氨基酸信息了,应该是为了把界面看的清晰才这样的,顿时觉得图超好看。。。。
[发帖际遇]: hansi 发表论文了,大家奖励其 1 贡献,并“喜大普奔”. 幸运榜 / 衰神榜
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